Красноярский филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» ведет свою историю с образования 01.09.1981 года приказом Министра гражданской авиации СССР № 150 от 04 августа 1981 года по согласованию с Министерством высшего и среднего специального образования СССР - Красноярского авиационно-технического училища гражданской авиации (КАТУ ГА) с местом базирования в аэропорту Красноярск (Северный).

В 1992 году КАТУ ГА преобразовано в Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации КАТК ГА приказом Министерства транспорта РФ от 24.11.1992 года № ДВ-140.

В 1997 году Колледж приобрел статус – Государственного образовательного учреждения среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж» Распоряжение Федеральной авиационной службы России от 20.02.1997г. №14.3.85.

В 2002 году изменилось наименование – Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» Распоряжение Министерства транспорта РФ от 20.05.2002г. №НА-164р.

с 4 августа 2003 года – Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» переименовано в Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации». Распоряжение Министерства транспорта РФ от 04.08.2003г. №НА-216р.

Согласно распоряжению Правительства № 294-р от 11 марта 2008 года Федеральное государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» реорганизовано путем присоединения к Федеральному государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» с образованием на его основе обособленного структурного подразделения - филиала университета. Все необходимые действия по реорганизации были завершены в декабре 2009 года.

21 декабря 2009 года приказом ректора Смурова Михаила Юрьевича №716/к, во исполнение распоряжения Правительства РФ на базе присоединенного Федерального государственного образовательного учреждения среднего профессионального образования «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» был создан Красноярский филиал Федерального государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации».

Приказом от 27.12.2011г. №1050 Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» Филиал переименован в Красноярский филиал федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации».

12.01.2016г. Красноярский филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации»  переименован в Красноярский филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» (Приказ ректора  № 02-6-001 от 12.01.2016 года)

Приказом ФГБОУ ВО СПбГУ ГА от 22.07.2022г. № 02-2-161, филиал переименован в  Красноярский филиал имени Героя Советского Союза В.С. Молокова Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования "Санкт-Петербургский  государственный университет гражданской авиации имени Главного маршала авиации А.А. Новикова"